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一般来说，淘宝商家修改手机号是不需要支付费用的。这项操作是免费的，直接在淘宝或支付宝后台修改即可。
关于安全性问题，只要通过正规的途径进行修改，并确保网络环境的安全性，修改手机号是相对安全的，但请注意以下几点：
1、修改手机号时，要确保登录的账号、环境等安全，避免账号被盗或异常登录等情况。
2、修改手机号后，要确保新的手机号能够正常接收短信验证码等信息，以便于后续操作验证身份。
3、修改手机号后，要及时更新店铺联系信息，确保客户能够联系到商家。
只要注意以上几点，淘宝商家修改手机号是相对安全的，如有更多疑问或需要帮助，建议咨询淘宝客服。